การทำความสะอาดเป็นขั้นตอนพื้นฐานในการบำรุงรักษาตู้เก็บเอกสาร และวิธีการแตกต่างกันไปขึ้นอยู่กับวัสดุ สำหรับตู้เก็บเอกสารที่เป็นโลหะ ให้ใช้ผ้าแห้งเนื้อนุ่มเช็ดฝุ่นบนพื้นผิวออก หากมีคราบ ให้ใช้ผ้านุ่มชุบผงซักฟอกสูตรอ่อนโยนและเป็นกลางชุบน้ำหมาดๆ แล้วเช็ดเบาๆ หลีกเลี่ยงน้ำยาทำความสะอาดที่เป็นกรด ด่าง หรือมีฤทธิ์กัดกร่อน เนื่องจากอาจสร้างความเสียหายให้กับผิวเคลือบได้ หลังจากทำความสะอาดแล้ว ให้เช็ดความชื้นออกด้วยผ้าแห้งเพื่อป้องกันสนิมที่เกิดจากน้ำที่ตกค้าง
การทำความสะอาดตู้เก็บเอกสารที่ทำจากไม้ต้องให้ความเอาใจใส่อย่างระมัดระวังในการควบคุมความชื้น สำหรับการทำความสะอาดตามปกติ ให้เช็ดพื้นผิวด้วยผ้านุ่มชุบน้ำหมาดๆ แล้วเช็ดให้แห้งทันที หลีกเลี่ยงการปล่อยให้ความชื้นซึมเข้าไปในเนื้อไม้มากเกินไป ซึ่งอาจทำให้โค้งงอหรือแตกร้าวได้ สำหรับตู้ไม้เคลือบวีเนียร์หรือเคลือบแล็คเกอร์ ห้ามใช้น้ำยาขัดเงาที่มีขี้ผึ้ง- เนื่องจากอาจทำให้พื้นผิวเหนียวหรือทำให้พื้นผิวเสียหายได้
เมื่อทำความสะอาดตู้เก็บเอกสารที่มีประตูกระจก ให้ใช้น้ำยาทำความสะอาดกระจกโดยเฉพาะ และหลีกเลี่ยงการใช้เครื่องมือแข็งที่อาจทำให้พื้นผิวกระจกเป็นรอยได้ จับประตูเบาๆ เมื่อเปิดและปิด เพื่อป้องกันไม่ให้กระจกแตกเนื่องจากการกระแทก